放了【诺亚·终极】，将所有的异生兽都变为艾美拉鲁矿石，自己的能量也消耗殆尽。
接下来，舞台也从宇宙转移到了地球。
1989年，观测到M80天蝎座球状星团发生的超新星爆炸后不久，神秘的发光物体坠落到了美国的一片沙漠之中。
这些是来访者星球的幸存者们。
它们无法在地球环境中拥有实体，只能以“水母”般的姿态存在。
美军将它们捕获后，把它们带到了科罗拉多州的秘密基地，并放入了特殊密封空间中。
来访者们通过心电感应，告知地球人“异生兽”的存在，并预言它们也会降临地球。
第二年，1990年，美国科罗拉多州的牧场发生牛与马的集体怪异死亡事件——屠牛事件。
没错，异生兽真的出现了。
这个家伙的代号是【Zero】，第0号异生兽，是【The one】之前就出现的异生兽。
但因为发现的迅速，它还没来得及进化，就被美军消灭了。
异生兽的出现，也让各个大国产生了危机感，开始正视来访者之前发出的模糊不清的预言。
为了与来访者们进行进一步的清晰交流，美国政府从FBI和CIA众多人才中召集“超能力者”。
这时，一位叫【海本隼人】的十岁日本少年，出现在了美国政府的视线中。
借助他的力量，人类终于和来访者达成了交流。
海本隼人向军方转述，说来访者是友好的高智能生命体，没有敌意。
为了对抗异生兽，它们愿意给美国提供超越性的科学技术，但要求这些技术不能用在人类内部的纷争之中。
美军满口答应了下来。
同时，来访者们预言，不久后，伴随着异生兽与“幕后黑暗”的出现，地球会陷入灭亡。
各国政府围绕是否该相信这一预言分裂为两派，陷入长久的争论中。
反对派的理由很充分：不能相信外星生物，尤其是把自己星球玩炸了的外星生物。
而相信预言派的人们，借助联合国的力量，成立了秘密组织——TLT。
同时，为了和来访者进行更加畅通无阻的交流，另一个计划被启动。
那就是将优秀超能力者们的DNA组合，培养人造人的计划——【普罗米修斯工程】。
目前TLT的预知者【吉良泽优】，以及余辉现在很挂念的那位【千树怜】，都是这个基因工程的产物。
他们有一个统称——普罗米修斯之子。
吉良泽优预言，在2004年，蓝色发光物体将会来到日本。
随后，吉良泽优的预言成真，蓝色的光球飞来了地球，坠入日本附近的海洋中。
光球袭击了前来调查的海上自卫队，并剥夺了自卫官【有动贵文】的身体。
在之后，它通过不断吞噬周围的生物，来完成一次又一次凶残的进化。
最终，它成为了第一只在世人面前出现的巨大异生兽——【The one】。
但同时，也出现了追随蓝色球体而来的红色球体。
在过程之中，红球与前来调查的F15战斗机相撞，并与驾驶员真木舜一合体。
他们的组合，化身为了四十米的光之巨人，代号“Next”，也就是俗称的奈克斯特奥特曼。
这是消耗了巨大能量的诺亚奥特曼退化后的样子。
最终，奥特曼和异生兽在新宿展开决战，奈克斯特的光线将【The one】击杀。
但因为缺少力量，没能将其在分子层面彻底消灭。
扩散到全球的异生兽细胞，也就成了当下异生兽频发的隐患。
战斗结束后，诺亚听到了真木希望回去与儿子团聚，与他在天空下飞翔的心声。
诺亚便放弃了和他融合来补充能量，而是离开了真木舜一的身体，重新因能量不足陷入沉睡，留在地球，等待下一次战斗的到来。①
即便The one倒下，但它的出现轰动了全球，也让各国政府不得不信来访者们的预言，真正地重视。
各国政府间迅速完成了权力交接，一切决定权都被交给了来访者的支持派。
事件发生后一个月，TLT变为世界规模的对异生兽特务机关。
在此基础上，人们靠来访者们的技术，创造出了对异生兽的抑制机器——【忘川】。
忘川的幻影同时出现在世界各地，对人们的记忆进行统一抹除。
The one与奥特曼存在的痕迹被完全消除，他们的战斗引发的灾害，被更改了原因。
孤门惊恐地捂住自己的大脑：“就是说……我的记忆很早之前就被改动过吗？”
余辉：“是的，除了TLT的极少数高层，就连你们的夜袭队队长记忆也是被处理过的。”
“混账！”听到这里的时候，根来大叔一声怒喝。